在日本一条名为“霞之里”的宁静小村庄里，那里远离人烟，但却有一所女校在这里。原来这所学校叫“私立志能备学园”，是一所负责女忍者训练的精英学院，是全日本,甚至全世界唯一一所的女忍者训练学校。而其实在“霞之里”生活的居民中很多都是这所学校的毕业生，学院中的学生大多为被赋予高智商高天分的有极其优秀基因的试管婴儿，所以都拥有极其高的天分。事实上从这里毕业的忍者，进入社会后都会当上保护重要人物或替国家和机构进行各种调查和探取情报的间谍工作，可说是一种既刺激又好玩又有前途的职业。但此学校只是女忍学校，与霞之里的另一所男忍学校关系不好，且不允许学生恋爱，不准和男忍接触，违反的人将被赶出学院。\r\n\r\n一天，有一男一女来到了这个村子，男的是为了逃债而来到“私立志能备学园”当老师的万里小路隼人，可是他并不知道这是一所忍者学校，而另一个就是故事主角，为了自己憧憬的女忍者生活与仰慕的忍者老师“市川电藏”而来的可爱女孩子日向向日葵。向日葵转校的第一天，遇上了新上任的万里小路隼人老师，产生了一见钟情的感觉，于是向日葵就把他当成了自己的真命天子...\r\n之后的两人将会怎样呢？\r\n\r\n忍者少女》（ひまわりっ!）是..